時は未来。人類は、異星人バガーの二度にわたる太陽系への侵攻を退けた。そして三度目の侵略に備えるため、地球の衛星軌道上にバトル・スクールと呼ばれる施設を設置し、「戦いを終わらせるもの」を養成することに決定した。
その頃、地球では少子化政策により、一家族で2子までしか子供をもうけられなくなっていたが、長男ピーターと長女ヴァレンタインの優秀さから、ウィッギン家には特別に3人目の出産が許された。その3人目こそ、運命の子アンドルー（エンダー）・ウィッギンだった。
天才的な才能を見込まれ、司令官の最有力候補としてわずか6歳でバトル・スクールに編入させられたエンダーは、世界中から集められた優秀な子供たちの中でも桁違いの成績を残し、成長していく。時を同じくして、ピーターとヴァレンタインもネットを利用して、地球上で勢力を広げていた。
